A felesége elvesztését gyászoló Bourne-t villámcsapásként éri a hír, hogy Martin Lindros, az utolsó ember, aki ismeri a múltját, és akit barátjának nevezhet - eltűnt. A CIA igazgatóhelyettesének egy Etiópiában végrehajtott művelet során veszett nyoma, ahol is csapatával gyanús, atombomba előállításához szükséges anyagok és urániumszállítmányok után nyomoztak.
Bourne nem engedheti, hogy egyetlen barátja, aki révén az emberiséghez kötődik, mindörökre eltűnjön az életéből. Így - bármennyire is gyűlöli a CIA-t és munkamódszereit - elhatározza, hogy megmenti Lindrost és bevégzi a munkáját; anyagi forrásaik elapasztásával felszámolja a terrorista hálózatot, amely nukleáris arzenál kiépítésére készül. Ám nem számol vele, hogy ez az iszlám fundamentalisták által vezetett, hihetetlenül veszélyes, a legkorszerűbb technikai eszközökkel felszerelt csoport befolyással bír nemcsak Afrikában és a Közép-Keleten, de még Ukrajnában is. Nem csupán tudnak róla, de a háttérből irányítják is Bourne minden lépését, aki így akaratlanul is segítségükre lesz legfőbb céljuk, Amerika lerombolásának elérésében.
